网站的链接结构是指页面之间相互链接的拓扑结构。它建立在目录结构基础之上，但可以跨越目录。形象地说，每个页面都是一个固定点，链接则是在两个固定点之间的连线。一个点可以和一个点连接，也可以和多个点连接。更重要的是，这些点并不是分布在一个平面上，而是存在于一个立体的空间中。研究网站的链接结构的目的是:用最少的链接，使得浏览最有效率。一般地，建立网站的链接结构有两种基本方式。
不过最终，这两种基本结构都只是理想方式，在实际的网站设计中，总是将这两种结构混合起来使用。我们希望浏览者既可以方便快速地到达自己需要的页面，又可以清晰地知道自己的位置。所以，最好的办法是首页和一级页面之间用星状链接结构，一级和二级页面之间用树状链接裂封勾。
关于链接结构的设计，在实际的网页制作中是非常重要的一环。采用什么样的链接结构直接影响到版面的布局。例如主菜单放在什么位置，是否每页都需要放置，是否需要用分帧框架，是否需要加人返回首页的链接。在连接结构确定后，再开始考虑链接的效果和形式，是采用下拉表单，还是用DMIL动态菜单等等。随着电子商务的推广，网站竞争的越来越激烈，对链接结构设计的要求已经不仅仅局限于可以方便快速的浏览，更加注重个性化和相关性。例如，在一个爱婴主题网站里，在个月婴儿的营养问题页面上，最好加人S个月婴儿的健康问题链接、智力培养链接，或者是有关奶粉宣传的链接、一本有关育儿的图书和一个玩具的链接。
因为父母不可能到每个栏目下去寻找关于S个月婴儿的信息，他们可能在找到需要的问题后就离开网站了。此外，每个页面都最好加上几个相关页面的链接，不要用Flash按钮，最好用文字链接，并且制作详细的网站地图，以便搜索引擎快速收录……这些都是尽可行留住访问者的可行方法，是网站设计者未来必须考虑的问题。
此外，网站导航要清晰。所有的链接应清晰无误地向浏览者标识出来，就像逛商店一样，顾客面对展示楼层柜台的导购平面图，一目了然，买东西该到几层那个柜台。如果你的网站上虽然有丰富内容，但是浏览者找不到或者点击三、四次才能找到，那么你的网站导航就有问题了，访问者也会失去耐心的。